O STJ, em julgamento de repercussão geral 1.125, definiu, assim como fora decidido para o ICMS no tema 69, que o ICMS-ST, para o substituído, deve ser excluído da base de cálculo das contribuições ao PIS e à COFINS. 

Quanto ao direito de repetição dos valores exigidos de forma ilegal pela Receita Federal, todavia, o STJ resolveu modular os efeitos da decisão, sendo assegurada a repetição apenas para as empresas que ingressaram com ação judicial até a data da publicação da ata de julgamento. 

Portanto, aquelas empresas que ingressaram com ação judicial poderão recuperar os últimos 05 anos, atualizados pela SELIC. Para as empresas que não ingressaram com a ação, poderão apenas excluir das apurações futuras. 

A modulação dos efeitos da decisão no âmbito do STJ não era uma regra, sendo que o primeiro caso ocorrera na tese de limitação da contribuição ao Sistema S e terceiros em 20 Salários Mínimos. Porém, percebe-se que essa será a tônica para as demais teses de responsabilidade do Tribunal, assim como já ocorre nos julgamentos do STF. 

A questão ainda será objeto de Embargos de Declaração pela União Federal, vez que a decisão assegurou o direito de repetição dos valores destacados, ou não, em nota fiscal, o que é contrário à tese defendida pela Fazenda Nacional.